Γενική Γραμματεία θα υπάγονται τα Τμήματα: 1) Διεθνών Οργανισμών και 2) Ίσης Μεταχείρισης και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων. Έργο της θα είναι: 1) Η καθιέρωση και ενίσχυση κανόνων διαφάνειας στη λειτουργία των θεσμών του κράτους, λαμβανομένων υπόψη και των αρμοδιοτήτων άλλων Υπουργείων, 2) Ο σχεδιασμός, η επεξεργασία, ο συντονισμός και η παρακολούθηση της εφαρμογής πρωτογραμμάτων και σχεδίων δράσης κατά της διαφθοράς, 3) Η εμπέδωση και η προαγωγή της προστασίας των ανθρωπίνων δικαιωμάτων και θεμελιωδών ελευθεριών, με την ανάληψη όλων των αναγκαίων σχετικών πρωτοβουλιών, μεταξύ των οποίων και η συμμόρφωση προς τις διεθνείς υποχρεώσεις της χώρας.
Ακόμη, ορίζεται ότι η Γενική Γραμματεία Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων, σχεδιάζει, επεξεργάζεται και εισηγείται τις προτεραιότητες της πολιτικής και τους άξονες δράσης για την διασφάλιση της διαφάνειας και την αποτελεσματική άσκηση των ανθρωπίνων δικαιωμάτων, ενώ αναλαμβάνει και προωθεί τις σχετικές νομοθετικές, κανονιστικές και διοικητικές πρωτοβουλίες και παράλληλα παρακολουθεί την εφαρμογή τους.
